El sistema Engler es un sistema de clasificación de plantas y el primero concebido como filogenético, después de que Darwin difundiera su Teoría de la Selección Natural. Fue desarrollado por el botánico alemán Adolf Engler con una primera edición en 1892, y fue continuado por colaboradores hasta su última edición en 1964, editada por Melchior.

Debido a las lagunas de conocimientos en anatomía y biología molecular de las plantas en esa época, el sistema está basado principalmente en rasgos morfológicos de acceso relativamente sencillo a través de una lupa y un microscopio.

Si bien este sistema de clasificación ya no es considerado filogenético, se sigue enseñando principalmente porque muchos libros de taxonomía de plantas están ordenados según este sistema.

Este sistema concibe una circunscripción tradicionalista del reino Plantae. En una época en que todos los seres vivos eran o plantas o animales, el sistema de clasificación acogió como plantas a todos los organismos con capacidad de fotosintetizar y a los organismos sin motilidad, a saber:

• - Algunos tipos de bacterias (que en la clasificación por 5 reinos pertenecen al reino Monera que agrupa a todos los procariotas, mientras que en la clasificación más moderna las bacterias están divididas en reinos Bacteria y Archaea).
• - Los hongos, que hoy se sabe que están más emparentados con los animales que con las plantas, y en la clasificación por 5 reinos pertenecen a su propio reino Fungi.
• - Diferentes tipos de "algas", definidas como organismos eucariotas con cloroplastos, que en la clasificación por 5 reinos pertenecen o bien al reino Protista o bien al reino Plantae si son multicelulares, y hoy se sabe que pertenecen a varias líneas filogenéticas no emparentadas.
• - Las "algas rojas" (Rhodophyta), las "algas verdes" (Chlorophyceae y Charophyta) y las plantas terrestres (Embryophyta asiphonogama y Embryophyta siphonogama), teniendo todas ellas un antecesor común según los últimos estudios moleculares.

Cada sistema de clasificación filogenético refleja las teorías evolutivas de la época, y el sistema de Engler no es la excepción. Engler concibió al reino de las Plantas como compuesto por Divisiones de organismos fotosintéticos o sin motilidad cada vez más complejos, siendo los más complejos descendientes de los más sencillos.

Si bien los conocimientos de la época no le permitieron tener muchos aciertos en las divisiones "inferiores" del reino Plantae (divisiones cuyo uso tal como lo concibió Engler está prácticamente descartado hoy en día), los estudios moleculares actuales han consensuado la monofilia de varias divisiones. También los estudios moleculares han consensuado la parafilia de otras divisiones, aunque Engler las hubiera concebido como monofiléticas, las agrupaciones parafiléticas son consideradas útiles y son validadas por muchos autores. En el caso particular de la división Gymnospermae, cuya monofilia fue muy discutida en los últimos años y de hecho descartada por otros sistemas posteriores como el de Cronquist, a la fecha de edición de este artículo (diciembre del 2006) está prácticamente consensuado que es monofilética. También su división Angiospermae fue consensuada como monofilética prácticamente en todos los sistemas de clasificación filogenéticos, hoy en día confirmada por los estudios moleculares, si bien hoy es más utilizado en algunas áreas su sinónimo Magnoliophyta. Dentro de la división Angiospermae, es interesante su hipótesis sobre la evolución de la flor. Engler concibió a las Gnetopsidas (una clase de gimnospermas con muchos rasgos derivados parecidos a los de las angiospermas) como poseedoras de la flor ancestral, por lo que hipotetizó que la angiosperma ancestral tenía flores en inflorescencias, que no tenían perianto, olor ni color, y que se polinizaban a través del viento. Por lo tanto, las flores con perianto serían más recientes que las aperiantadas (en particular las flores que sólo tienen sépalos serían más antiguas que las que tienen sépalos y pétalos), y la unión de los pétalos entre sí habría sido un suceso evolutivo posterior. Por lo tanto la cantidad de pétalos y sépalos en las flores, y si están unidos entre sí o no, serían rasgos que reflejan la posición de la planta en el árbol filogenético. Si bien hoy en día están descartadas todas estas hipótesis del origen y la evolución de la flor, esta clasificación utiliza un carácter muy conspicuo para la determinación (cantidad y connación de pétalos y sépalos), por lo que sigue resultando "cómoda" para varios investigadores.